温泉的致病性微生物来源除了粪便之外，也有可能来自于人体的唾液、伤口和黏膜组织。例如感冒、生病或受伤的泡汤客，他的伤口或黏膜组织就有可能释出病原直接污染温泉池水，若有人直接接触这些存在致病生微生物的温泉就有可能造成感染。另外有部分的细菌或原生动物能入人体，引起疾病。例如温泉温暖、潮湿、富营养源的环境就很适合军团菌、游泳池净化设备绿脓杆菌以及阿米巴原虫的滋生。这类微生物常常侵犯原来即有其它疾病或免疫系统较差的人。一台湾地区消费者对退伍军人菌（军团菌）觉知与温泉消费行为之研究的结论摘录指出：

         大多数的消费者认为泡温泉对健康是有益的。

         女性消费者认为泡温泉具有减肥的功能。

         大多数的消费者不能接受含有细菌的温泉。

         消费者一但发现温泉内含有细菌时将不再前往消费。

         消费者较不能接受温泉加氯消毒。

         研究的样本中有21%的温泉含有退伍军人菌。