1.在污水处理中的应用
微生物絮凝剂在给水处理中应用范围广泛，它可以应用与城市生活污水，建材和焦化废水、畜产废水、食品工业废水、塑料工业废水、电镀废水等处理中。并且微生物絮凝剂在燃料废水的脱色处理中效果非常好。用P。alcaligenes8724菌株产生的絮凝剂对造纸黑液和氯霉素生产废水等颜色较深的废水进行脱色处理，其脱色率分别达到95%-98%。黄民生等在污水处理厂的回流污泥中分离、筛选出了3珠絮凝剂产生菌，该菌株所产培养液可使土壤悬浊液滤达90以上，使碱性燃料废水COD去除率达到70左右，色度去除率达92%左右。另有絮凝剂NOC-1处理畜产废水10min后，TOC和TN的去除率分别为70%和40%。
2.出去水体中重金属离子
研究发现，湛蓝菌属于产微生物絮凝剂能够除去水体中的锰离子等铜离子。而用冻胶菌属产絮凝剂Zoogloea115时，再水体中重金属离子质量浓度很高（300~800mg/l）的情况下对铜离子、铁离子和钠离子的去除率也很高。
3.乳状液中的油水分离
向一些乳化液中投加特定的微生物絮凝剂，可在一定程度上工业循环水处理设备使油水分离。广泛产碱菌Alcalige-neslatus的培养物能够在酸性棕榈油一水表面形成可见油层，使下层清液中的COD降低215mg/L,除油效果远远高于有机无机高分子絮凝剂。
4.给水和饮用水处理
微生物絮凝剂用于净化饮用水的优点在于它不但用量少，而且出去水体浊度效率高，沉淀物过滤性好。M.I.Aguilar等发现利用微生物絮凝剂处理河水和湖泊水时，絮凝后所形成的胶团大、密实度高、沉降快，上清液的剩余浊度低，对COD的去除率也远远高于海藻酸钠明胶絮凝剂。更重要的是MBF是一类天然高分子有机物，经它处理后的水体对人体无毒副作用。
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